文昌殿供奉的是文昌帝君。文昌帝君又称梓潼帝君、文曲星、文星，为主宰功名、禄位之神。文昌帝君左边奉的是孔子，为中国儒家的创始人，道教奉之为“大成至圣先师”；右边是朱熹，为宋代理学大师。

文昌祭祀始于宋元，到明清已成为重要的官祭活动。二月初三是文昌的圣诞，全国各地都要按朝廷的祭典，在各地举行祭祀文昌的活动。其祭祀规格与孔子相同，在文昌祖庭，知县担任主祭官，县衙官吏、乡里学子、绅士、百姓都要到这里来参祭。